यह पहली बार 1998 में आईसीसी नॉकआउट टूर्नामेंट के रूप में आयोजित किया गया था, और तब से, यह लगभग हर चार साल में होता है। 2002 में, ईट्रॉफी का नाम बदलकर चैंपियंस ट्रॉफी कर दिया गया। ढाका, बांग्लादेश में बंगबंधु नेशनल स्टेडियम ने 1998 के टूर्नामेंट के दौरान प्रत्येक खेल की मेजबानी की। दक्षिण अफ्रीका ने चैंपियनशिप मैच में वेस्टइंडीज को हराकर प्रतियोगिता जीती। 221 रनों के साथ, वेस्टइंडीज के फिलो वालेस प्रतियोगिता के शीर्ष रन स्कोरर थे। नैरोबी, केन्या में जिमखाना क्लब ग्राउंड, 2000 के टूर्नामेंट के दौरान हर खेल की साइट के रूप में कार्य करता था। प्रतियोगिता में सभी टेस्ट खेलने वाले देशों की भागीदारी थी, जिसमें फाइनल केन्या, भारत, श्रीलंका, वेस्टइंडीज, बांग्लादेश और इंग्लैंड शामिल थे। न्यूजीलैंड ने चैंपियनशिप मैच में भारत को हराकर प्रतियोगिता जीती। इस प्रतियोगिता में भारत के कप्तान सौरव गांगुली ने सबसे ज्यादा 348 रन बनाए थे। सबसे ज्यादा विकेट लेने वाले गेंदबाज वेंकटेश प्रसाद थे | यह न्यूजीलैंड की आईसीसी की पहली जीत थी। इसके अलावा, 2021 तक, यह उनकी एकमात्र आईसीसी ट्रॉफी बनी रही।

आईसीसी टेस्ट खेलने वाले 10 देशों के अलावा हाल ही में पूर्ण सदस्य बांग्लादेश, केन्या (वनडे दर्जा) और 2001 आईसीसी ट्रॉफी चैंपियन नीदरलैंड ने 2002 आईसीसी चैंपियंस ट्रॉफी में भाग लिया था, जो श्रीलंका में आयोजित की गई थी । बारिश के कारण दो बार भारत और श्रीलंका के बीच फाइनल रद्द कर दिया गया, जिससे कोई निष्कर्ष नहीं निकला। बारिश के कारण व्यवधान पैदा होने से पहले, श्रीलंका ने 50 ओवर बल्लेबाजी की, जबकि भारत ने दो ओवर खेले। भारत ने अगले दिन 8 ओवर खेले, जबकि श्रीलंका ने फिर से 50 ओवर फेंके। भारत और श्रीलंका को अंत में समान चैंपियन के रूप में मान्यता दी गई। दोनों टीमों के 110 ओवर खेलने के बावजूद कोई नतीजा नहीं निकला। मुरलीधरन (10) ने प्रतियोगिता में सबसे अधिक विकेट लिए, और वीरेंद्र सहवाग (271) ने सबसे अधिक रन बनाए।

आईसीसी सीटी 2004 इंग्लैंड में खेला गया था, और भाग लेने वाले देशों में 10 आईसीसी टेस्ट राष्ट्र, केन्या (जिनके पास एकदिवसीय दर्जा है), और संयुक्त राज्य अमेरिका शामिल थे, जो हाल ही में आईसीसी सिक्स नेशंस चैलेंज जीतने के बाद अपने पहले एक दिवसीय अंतर्राष्ट्रीय मैच में खेल रहे थे । समूह चरण में सिर्फ एक गेम हारने वाली टीमें प्रतियोगिता से बाहर हो गईं, जो नॉकआउट श्रृंखला के समान थी। चार समूहों में से प्रत्येक से शीर्ष दो टीमें - सेमीफाइनल में खेली गई 12 टीमों से बनी हैं। इंग्लैंड ने पहले सेमीफाइनल में ऑस्ट्रेलिया को हराकर चौथी बार आईसीसी टूर्नामेंट के फाइनल में जगह बनाई। दूसरे सेमीफाइनल में पाकिस्तान को कम स्कोर वाले मुकाबले में वेस्टइंडीज से हार का सामना करना पड़ा। विकेट कीपर सी ब्राउन और इयान ब्रैड शॉ की मदद से लारा की निर्णायक वाली वेस्टइंडीज टीम ने मैच में जीत गई।

2006 आईसीसी चैंपियंस ट्रॉफी का फाइनल 5 नवंबर, 2006 को भारत में हुआ था। प्रारूप बदल दिया गया था। 1 अप्रैल 2006 को आईसीसी वनडे चैम्पियनशिप में शीर्ष 6 टीमें, साथ में अन्य चार टेस्ट खेलने वाले देशों में से प्रत्येक से चुनी गई दो टीमें- श्रीलंका, वेस्टइंडीज, बांग्लादेश और जिम्बाब्वे - टूर्नामेंट से पहले राउंड रॉबिन क्वालीफाइंग राउंड के माध्यम से - ग्रुप राउंड में भाग ले रही थीं। बांग्लादेश और जिम्बाब्वे ने कटौती नहीं की, जबकि वेस्टइंडीज और श्रीलंका ने किया।

राउंड-रॉबिन खेल में, 8 टीमों को तब चार की दो टीमों में रखा गया था। दक्षिण अफ्रीका और न्यूजीलैंड ने ग्रुप बी से सेमीफाइनल के लिए क्वालीफाई किया, जबकि ऑस्ट्रेलिया और वेस्टइंडीज ने ग्रुप ए से ऐसा किया। ऑस्ट्रेलिया ने फाइनल में वेस्टइंडीज को 8 विकेट के अंतर से हराने के बाद पहली बार ट्रॉफी जीती। प्रतियोगिता मोहाली, अहमदाबाद, मुंबई और जयपुर में आयोजित की गई थी।

पाकिस्तान को 2006 में आईसीसी द्वारा 2008 आईसीसी चैंपियंस ट्रॉफी की मेजबानी के लिए चुना गया था। पाकिस्तान में 2008 आईसीसी चैंपियंस ट्रॉफी को अक्टूबर 2009 तक स्थानांतरित कर दिया गया है, यह 24 अगस्त, 2008 को रिपोर्ट किया गया था, क्योंकि कई देश क्रिकेट सुरक्षा चिंताओं के कारण वहां यात्रा करने में संकोच कर रहे थे। इस बात में काफी संदेह था कि यह 2009 में होगा क्योंकि उस तारीख के आसपास व्यस्त अंतरराष्ट्रीय कैलेंडर और अनिश्चितताएं थीं कि तब तक सुरक्षा वातावरण कैसे बदलेगा।

16 मार्च 2009 को, यह घोषणा की गई कि दक्षिण अफ्रीका को पाकिस्तान के स्थान पर 2009 आईसीसी चैंपियंस ट्रॉफी की मेजबानी करनी चाहिए। क्रिकेट दक्षिण अफ्रीका द्वारा 2 अप्रैल 2009 को जारी बयान के अनुसार 2009 आईसीसी चैम्पियंस ट्रॉफी का आयोजन दक्षिण अफ्रीका में 24 सितंबर 2009 से पांच अक्तूबर 2009 तक किया जाएगा। पहले सेमीफाइनल में ऑस्ट्रेलिया ने इंग्लैंड को नौ विकेट से हराया था और दूसरे में न्यूजीलैंड ने पाकिस्तान को पांच विकेट से हराया था।

2013 चैंपियंस ट्रॉफी इंग्लैंड और वेल्स में आयोजित की गई थी। दो बार चैंपियंस ट्रॉफी की मेजबानी करने वाला एकमात्र देश इंग्लैंड था। एजबेस्टन में, भारत ने इंग्लैंड को 5 रन से हराकर अपनी दूसरी चैम्पियनशिप जीती; उनकी पिछली ट्रॉफी, 2002 में, श्रीलंका के साथ विभाजित हो गई थी क्योंकि फाइनल धुल गया था।

आईसीसी चैंपियंस ट्रॉफी 2017 में इंग्लैंड और वेल्स में आयोजित की गई थी। इंग्लैंड तीन बार चैंपियंस ट्रॉफी की मेजबानी करने वाला एकमात्र राष्ट्र बन गया, और इंग्लैंड और वेल्स, जिसने 2013 संस्करण की मेजबानी भी की, आईसीसी चैंपियंस ट्रॉफी की लगातार मेजबानी करने वाले एकमात्र राष्ट्र बन गए। वेस्टइंडीज को आईसीसी वनडे टीम रैंकिंग में बांग्लादेश ने स्थान दिया है क्योंकि वह नौवें और शीर्ष आठ से बाहर है। 2006 के बाद पहली बार बांग्लादेश ने आईसीसी चैंपियंस ट्रॉफी के लिए क्वालीफाई किया, लेकिन वेस्टइंडीज ने ऐसा नहीं किया।

2007 के बाद पहली बार चिर प्रतिद्वंद्वी भारत और पाकिस्तान एक टूर्नामेंट के फाइनल में भिड़े। यह मैच लंदन के द ओवल में खेला गया था। चैंपियंस ट्रॉफी के फाइनल में पाकिस्तान की यह पहली और भारत की चौथी भागीदारी थी। पाकिस्तान ने तीनों श्रेणियों (बल्लेबाजी, गेंदबाजी और क्षेत्ररक्षण) में भारत को आसानी से 180 रन से हराया। टूर्नामेंट में सबसे कम रैंकिंग वाली टीम, पाकिस्तान ने पहली बार चैंपियंस ट्रॉफी जीती और ऐसा करने वाला आठवां देश बन गया।